1. SAW镜像安装
SAW docker 镜像软件包已包含运行软件必须的依赖包，用户可通过 Docker Hub 下载 SAW docker 镜像，以帮助用户在本地快速搭建 SAW
镜像，进行离线分析。请下载最新
的软件并使用与其对应版本的手册。
Docker Hub链接：https://hub.docker.com/r/stomics/saw/tags
目前SAW的安装和运行支持Singularity和Docker两种方式 (如需安装Singularity，请自行安装或参考1.5 SAW
GitHub)，以5.5.0版本为例使用教程如下：
第一步：使用singularity拉取镜像 （2种方法）：
bash
$ singularity build SAW_v5.5.0.sif docker://stomics/saw:05.5.0 ## option 1
$ singularity build --sandbox SAW_v5.5.0/ docker://stomics/saw:05.5.0 ## option 2
非root用户，尤其是/home/目录下磁盘空间不够时，请尝试：
bash
$ export SINGULARITY_CACHEDIR=/path/to/build
$ singularity build --sandbox SAW_v5.5.0/ docker://stomics/saw:05.5.0
第二步：使用singularity运行镜像（3种方法）：
*注意！在运行singularity镜像时，所有涉及目录均需提前挂载。如：输入文件目录/path/to/data，参考基因组目录/path/to/genomeDir，输出结果目录/path/to/output。
bash
$ export SINGULARITY_BIND="/path/to/data,/path/to/genomeDir,/path/to/output"
方法一：启动容器并在容器中执行命令
bash
$ /path/to/SAW_v5.5.0.sif <application>
## option 1.1
$ singularity exec /path/to/SAW_v5.5.0.sif
<application> ## option 1.2
方法二：启动容器并打开交互式终端，在容器中运行bash命令。需执行exit退出环境。
bash
$ /path/to/SAW_v5.5.0.sif /bin/bash ## option
2.1
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
$ singularity shell /path/to/SAW_v5.5.0.sif ##
option 2.2
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
$ singularity shell SAW_v5.5.0 ## option 2.3
for sandbox
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
方法三：通过参数“-B 外部路径:容器内路径”挂载用户自定义目录至容器中，并在容器中执行命令。
bash
$ singularity shell -B /path/to/directory/on/the/host-machine:/path/to/directory/mounted/in/the/container
/path/to/SAW_v5.4.0.sif
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
第一步：使用docker拉取镜像：
bash
$ docker pull stomics/saw:05.5.0
第二步：交互式运行镜像：
bash
$ docker run -d -v /path/to/data:stomics/saw:05.5.0 /bin/sh -c "
2. SAW GitHub
3. SAW测试数据
4. SAW结果文件格式
