STOmics STOmics

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ImageStudio operation manual
附录和参考文献
1. SAW镜像安装
    SAW docker 镜像软件包已包含运行软件必须的依赖包,用户可通过 Docker Hub 下载 SAW docker 镜像,以帮助用户在本地快速搭建 SAW 镜像,进行离线分析。请下载最新 的软件并使用与其对应版本的手册。

Docker Hub链接:https://hub.docker.com/r/stomics/saw/tags

目前SAW的安装和运行支持Singularity和Docker两种方式 (如需安装Singularity,请自行安装或参考1.5 SAW GitHub),以5.5.0版本为例使用教程如下:
1.1 利用Singularity安装SAW
*请注意将红色高亮的入参替换为您的真实路径和数据。
    第一步:使用singularity拉取镜像 (2种方法):
bash
$ singularity build SAW_v5.5.0.sif docker://stomics/saw:05.5.0 ## option 1
$ singularity build --sandbox SAW_v5.5.0/ docker://stomics/saw:05.5.0 ## option 2

非root用户,尤其是/home/目录下磁盘空间不够时,请尝试:

bash
$ export SINGULARITY_CACHEDIR=/path/to/build
$ singularity build --sandbox SAW_v5.5.0/ docker://stomics/saw:05.5.0

第二步:使用singularity运行镜像(3种方法):

        *注意!在运行singularity镜像时,所有涉及目录均需提前挂载。如:输入文件目录/path/to/data,参考基因组目录/path/to/genomeDir,输出结果目录/path/to/output。
bash
$ export SINGULARITY_BIND="/path/to/data,/path/to/genomeDir,/path/to/output"

方法一:启动容器并在容器中执行命令

bash
$ /path/to/SAW_v5.5.0.sif <application> ## option 1.1
$ singularity exec /path/to/SAW_v5.5.0.sif <application> ## option 1.2

方法二:启动容器并打开交互式终端,在容器中运行bash命令。需执行exit退出环境。

bash
$ /path/to/SAW_v5.5.0.sif /bin/bash ## option 2.1
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
$ singularity shell /path/to/SAW_v5.5.0.sif ## option 2.2
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
$ singularity shell SAW_v5.5.0 ## option 2.3 for sandbox
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$

方法三:通过参数“-B 外部路径:容器内路径”挂载用户自定义目录至容器中,并在容器中执行命令。

bash
$ singularity shell -B /path/to/directory/on/the/host-machine:/path/to/directory/mounted/in/the/container /path/to/SAW_v5.4.0.sif
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
1.2 利用Docker安装SAW
    第一步:使用docker拉取镜像:
bash
$ docker pull stomics/saw:05.5.0

第二步:交互式运行镜像:

bash
$ docker run -d -v /path/to/data:stomics/saw:05.5.0 /bin/sh -c "
2. SAW GitHub
    SAW GitHub: https://github.com/BGIResearch/SAW
用户可进入GitHub页面查看singularity的安装、参考基因组索引构建、以及SAW shell脚本。
*注意!请在运行SAW分析前构建索引。
3. SAW测试数据
    测试数据可从SAW GitHub页面获取。测试结果可参考第三章 测试数据结果展示,测试使用参考基因组版本为:
  • genome-build: GRCm38.p6
  • genome-version: GRCm38
  • genome-date: 2012-01
  • genome-build-accession: NCBI:GCA_000001635.8
4. SAW结果文件格式
SAW结果文件格式介绍参见《STOmics分析流程结果文件格式说明》